La scoperta del sito avvenne sul finire del 1500, la ricerca archeologica selinuntina ebbe inizio solo nel 1823.
L’area monumentale di Selinunte, racchiude l’antica superficie della città, estesa 110 ettari circa, tra i fiumi Gorgo Cottone e Modione e i santuari extraurbani della Collina Orientale e di Contrada Gaggera. Dopo la scoperta del sito ad opera di Tommaso Fazello sul finire del 1500, la ricerca archeologica selinuntina ebbe inizio solo nel 1823 con la scoperta delle metope scolpite da parte degli inglesi S. Angell e W. Harris. Lo studio dei templi da parte di J. I. Hittorff e i primi scavi sistematici di S. Cavallari e di A. Salinas gettarono le basi per la conoscenza della colonia siceliota che trovò la prima sintesi nel volume di G. Fougères e J. Hulot (1910). Nel XX sec. gli studi si concentrarono sul santuario della Malophoros e sull’Acropoli (E. Gabrici) per comprendere, poi, l’intera area urbana in tutte le sue fasi di vita. Attualmente lavorano all’interno del Parco, in regime di convenzione, diverse équipes di studiosi italiani e stranieri, che spingono la loro ricerca anche alle aree di Cave di Cusa.
La città di Selinunte (in greco Selinùs), il cui nome deriva dal selinon una pianta sacra che cresceva lungo le sponde del fiume Modione, fu fondata verso la metà del VII sec. a.C. dai coloni di Megara Hyblaea. I Selinuntini occuparono i punti strategici della futura area urbana e definirono i limiti di vaste zone agricole da sfruttare. Agli inizi del VI sec. a.C., l’impianto urbano fu realizzato in modo rigoroso attraverso la costruzione del sistema viario. Gli isolati rettangolari larghi 100 piedi dorici (circa 32 metri) furono generati dall’incrocio di grandi strade (plateiai) con strade più piccole (stenopòi). Nel V sec. a.C., alcune case raggiunsero dimensioni notevoli e le strade principali furono pavimentate con grandi lastre di pietra. L’agorà (la piazza) fu edificata sul pianoro di Manuzza, mentre i santuari furono inseriti, sia in aree esterne alla città (Collina Orientale e Gàggera), sia interne (santuari dell’Acropoli). Nel 409 a.C. la città fu distrutta dai Cartaginesi. Nonostante i diversi interventi militari siracusani, nella seconda metà del IV sec. a.C., Selinunte rimase in mano punica fino alla conquista romana del 250 a.C.